A proposta pedagógica do Colégio São José norteia-se pelos princípios franciscanos. Visa à formação integral do ser humano - nas dimensões do coração, da inteligência e da vontade - de cidadãos críticos, conscientes e atuantes na transformação da sociedade, capazes de saber conviver fraternalmente.

Fundamenta a sua proposta numa concepção de aprendizagem baseada na visão em que a pessoa aprende através de suas próprias ações sobre o objeto de conhecimento e na interação com o outro e com o meio. A interação acontece por meio de relações dialógicas e participativas, na dinâmica de ação-reflexão, contemplando a mobilização, a construção e a elaboração da síntese do conhecimento. Desenvolve o conhecimento de forma contextualizada, com significado, valorizando a sensibilidade estética.

A prática pedagógica alicerçada na filosofia franciscana pressupõe uma metodologia reflexiva e criativa, em que se estabeleçam relações de confiança entre educandos e educador, sendo sustentada pelos princípios éticos, políticos e estéticos. Privilegia a dinâmica de trabalho em grupo, visando à socialização humana e do saber. O processo metodológico considera a faixa etária dos educandos e sua individualidade, buscando parceria com diferentes grupos sociais.

Na Educação Infantil, a metodologia contempla a construção do conhecimento por meio da ludicidade e interação. Procura despertar o prazer de conhecer, descobrir, construir e reconstruir o saber mediante o jogo, a curiosidade e o brincar. Desenvolve a cooperação e a responsabilidade em atividades individuais e grupais.

No Ensino Fundamental, a metodologia busca desenvolver a autonomia, a cooperação, a responsabilidade e a criatividade. Nos Anos Iniciais, propicia um ambiente desafiador no desenvolvimento de atividades lúdicas e diversificadas, que estimulam a busca e a descoberta pela pesquisa, oportunizando a iniciação do pensamento científico e a atitude de estudante-pesquisador no trabalho em equipe. Integra a dimensão artística e corporal às atividades realizadas. Nos Anos Finais, contempla a metodologia interdisciplinar, reflexiva e crítica, por meio da análise das informações a partir de critérios éticos e científicos, do desenvolvimento da argumentação e do estabelecimento de relações entre fatos e informações, da habilidade de lidar com a diversidade e com as situações de conflito, buscando o crescimento pessoal e grupal.

No Ensino Médio, a metodologia privilegia a contextualização do conhecimento, estimula a autonomia intelectual e desenvolve a capacidade de relacionar o aprendido com o observado, a teoria, com suas conseqüências e aplicações práticas, e propõe alternativas e soluções para os problemas sociais, econômicos, políticos e ambientais, de modo interdisciplinar.

 A metodologia a ser utilizada em sala de aula constará no Plano do Professor, em consonância com o Projeto Político-Pedagógico e com os Planos de Estudos do Colégio.

O Colégio São José assume uma filosofia inclusiva coerente com os princípios franciscanos. Desenvolve a proposta inclusiva mediante algumas estratégias específicas ao alunado com necessidades educacionais especiais, como adaptação curricular individualizada de grande e pequeno porte, mediante diagnóstico e/ou avaliação do corpo profissional - técnico, evidenciando a real necessidade, conforme legislação vigente.